El Beaterio de Belén fue fundado en 1670 por Fray Rodrigo de la Cruz, con el respaldo de doña Agustina Delgado y su hija Mariana de Jesús. Su misión inicial era brindar refugio y atención a mujeres pobres, enfermas o desamparadas. Esta obra se inspiró en la labor previa del Hermano Pedro de San José de Betancur, quien en 1666 promovió la construcción de un hospital de convalecientes en Santiago de Guatemala, hoy Antigua Guatemala.
Después del traslado, las
beatas se asentaron en la nueva capital y el templo actual fue inaugurado el 25
de enero de 1852. Desde entonces, ha tenido diferentes administraciones
religiosas. Entre 1852 y 1873 fue atendido por monjes capuchinos. Antes de esa fecha, los jesuitas ya habían instalado un
noviciado en 1851, permaneciendo hasta 1854. Posteriormente, las Hermanas de
Nuestra Señora de Namur, procedentes de Bélgica, establecieron un colegio
dedicado a la educación de niñas.
En este periodo se trasladaron
importantes devociones desde la antigua capital, como las imágenes de Nuestra
Señora de Belén, San José y Jesús Nazareno de la Indulgencia, que actualmente
es el titular de las procesiones de Martes
Santo durante la Semana Santa.
En
la Nueva Guatemala, la iglesia ha sido modificada varias veces. En 1901 se
construyeron la bóveda, la cúpula y los campanarios. Los terremotos de 1917 y
1918 causaron daños severos, por lo que en 1933 se reconstruyó con un estilo
renacentista español. Nuevos daños se registraron en 1976 y, en 2001, se
realizó una remodelación con estructura metálica y cubierta termoacústica. En
el 2025 se realizó una restauración integral de fachadas y anexos.
Actualmente, destaca su espadaña
de doble cuerpo
con espacio para cuatro campanas, en lugar de
torres campanario.
